Szerkezetvizsgáló módszerek a rendezetlen fehérjék szerkezetének és kölcsönhatásainak jellemzésére
Munkánk során a rendezetlen fehérjék komplex biofizikai és funkcionális vizsgálatát a CD spektroszkópiával meghatározott másodlagos szerkezet vizsgálatával kombináljuk. Eredményeink hozzásegíthetnek, hogy jobban megértsük, milyen elsődleges és másodlagos szerkezeti jellegzetességek határozzák meg a rendezetlen fehérjék interakciós motívumainak biológiai viselkedését. Emellett egy, a gyakorlatban széles körben alkalmazható CD spektrum elemző programot is továbbfejlesztünk, mely kiemelten alkalmas lesz a rendezetlen fehérjék másodlagos szerkezetének vizsgálatára. Az általunk kifejlesztett új CD spektroszkópiai módszer lehetőséget ad az időigényes és drága NMR méréseket megelőző gyors és olcsó feltáró vizsgálatokra. Ezzel a módszerrel a rendezetlen fehérjék elsődleges (másodlagos) szerkezetvizsgálata elvégezhető, a konformációváltozások előrejelezhetők, és akár nagyobb áteresztőképességű módon molekulákat vagy körülményeket tesztelhetünk a megfelelő minták NMR méréshez történő kiválasztása érdekében.
Együttműködésünk során elvégeztük a p53-mdm2 kötődésének vizsgálatát, valamint a vad és mutáns TAD régió másodlagos szerkezeti változásait. Megállapítottuk, hogy bár szabad állapotban a vad típusú és a mutáns TAD régió is rendezetlen, a vad típusú TAD régió magasabb alfa helikális tendenciát mutat mint a mutáns fehérje, és ez befolyásolja az mdm2 kötés képességét.
A rendezetlen fehérjék kötő motívumainak vizsgálata során kimutattuk, hogy szabad állapotban a kötő motívumokat hordozó üres szekvencia és a TNFR5, valamint az SF1 is igen magas rendezetlenséget mutat, másodlagos szerkezeti elem tartalmuk minimális. Mivel ezen kötőmotívumok komplexben megjelenő szerkezete ismert, ebből levonhatjuk azt a következtetést, hogy a vizsgált esetekben valószínűleg indukált feltekeredés áll a szerkezet kialakulásának hátterében, nem pedig konformációs szelekció.
Tantos Ágnes - Kardos József