3. HunProtExc konferencia Microsoft Teams-en

2021. Április 9. péntek 10:00 óra

Program

Meghívott előadók:

Julien Orts (ETH Zürich): Protein-ligand complex binding pocket structure determination with NMR, the NMR Molecular Replacement method

Here, we present NMR2 (NMR Molecular Replacement), a MR-like approach in NMR to determine the structures of the binding pockets of ligands at atomic resolution. The calculation of structures of protein-ligand complexes relies on the collection of unassigned semi-quantitative inter-molecular NOE distance restraints and on previously solved structures.[1] The NMR2 method uses a high throughput structure calculation protocol, rather than a docking-scoring simulation. It is fast since it requires only a few days of measuring time and bypasses the time-consuming sequential assignment steps for the protein.
We will present multiple NMR2 applications covering several ligand topologies ranging from peptidomimetic to small molecules that bind strongly or weakly to protein receptors. We also report how NMR2 can make use of partially labelled protein using methyl-specific isotope labelling. Our findings demonstrate that NMR2 may open an avenue for the fast and robust determination of the binding pocket structure of ligand-protein complexes at atomic resolution.

E. Yvonne Jones (University of Oxford) : From structure to mechanism in the assembly and modulation of cell surface signalling complexes

In my laboratory we combine x-ray crystallographic analyses with biophysical, electron and light microscopy based approaches to study the assembly and modulation of cell surface signalling complexes involved in development and tissue homeostasis. We aim to generate mechanistic insights, at atomic resolution, which can be tested by functional studies in vitro and in vivo. I will discuss some of the recent results we have generated by applying this approach to the signalling mechanism of the semaphorin-plexin cell guidance system and to the extracellular modulation of signalling by the morphogen Wnt.

Welker Ervin (ELKH TTK) : A CRISPR rendszer nukleázai, működésük és alkalmazásaik

Az 1950-es évektől kezdődően a DNS szerkezetének megismerésével, majd ennek az átírására kidolgozott módszerekkel olyan tudományos fejlődés indult el, mely napjainkban is óriási ütemben folyik. Az egyik, ha nem a legjelentősebb mérföldkövet a CRISPR/Cas rendszer felfedezése és hatékony genommódosító eszközként való használata jelentette, mely robbanásszerű fejlődést hozott a molekuláris biológia és a kapcsolódó tudományterületeken. A CRISPR rendszer leggyakrabban alkalmazott fehérjéi, az 5-ös típusú rendszer egyetlen polipeptidből álló RNS-vezérelt nukleázai, a Cas9 és Cas12a nukleázok. Ezeknek a nukleázoknak a segitségével egy adott, előre meghatározott helyén a genomnak viszonylagosan random deléciókat, inszerciókat, illetve donor DNS használatával bázispárpontos változtatásokat tudunk létrehozni, végrehajtani. A nukleázok nikkelő és inaktív változatai és a hozzájuk fuzionált különböző funkciókat megvalósítani képes fehérjék segítségével kiválasztott géneknek a transzkripcios aktiválása és gátlása valósítható meg, illetve donor DNS használata nélkül bázispár pontossággal vihetők be pontmutációk és kisebb deléciók, inszerciók adott genomi pozíciókba. A nukleázok és változataik minél hatékonyabb alkalmazása érdekében komoly haladást sikerült elérni működési mechanizmusuk megértésében és hatékonyságuk, specificitásuk, növelésében, illetve a targetálható szekvenciák körének bővítésében.

Lukács Noémi (SCICONS, Szirák) : Bepillantás a dsRNS-ek és a vakcinák világába a dsRNS-specifikus antitestek szemszögéből

Több mint egy év telt el, mióta a Covid-19 járvány hódítóútjára indult, és világszerte betegséget, több mint 2 millió halálesetet és globális recessziót eredményezett. Ennek ellenére a 2019-es év mégis valahol tudományos sikertörténet volt, korunk tudománya látványosan megmutatta az erejét: soha nem látott sebességgel sikerült jellemezni a járványt okozó SARS-CoV2 vírust, és kevesebb, mint egy év alatt kifejleszteni nem csak egy, de több, újfajta, hatékony oltóanyagot. Mindez nem lett volna lehetséges több évtizedes előmunkálatok, olyan alapkutatások nélkül, amelyek a koronavírusok biológiáját és az általuk kiváltott immunválaszt térképezték fel, valamint azon technológiai fejlesztések nélkül, amelyek az mRNS vakcinákat lehetővé tették. Ezek során bizonyultak hasznosnak és eredményesnek azon duplaszálú RNS-specifikus ellenanyagok, amelyeket az 1980-as, 90-es években fejlesztettem ki, és az elmúlt 15 évben biotechnológiai cégünk világszerte forgalmaz.

Előadásomban ezen ellenanyagok biokémiai és specificitásbeli jellemzését fogom bemutatni, valamit a SARS-CoV2 példáján betekintést adni arra, hogy mi mindent tanultunk a dsRNS-ek szerepéről a vírusfertőzések során, részletesen kitérve arra, hogy milyen jellegű vizsgálatokra használják most is a Covid-kutatásban ellenanyagainkat. Ezen felül szót fogok ejteni arról is, hogy a dsRNS-ek immunválaszban betöltött szerepe milyen izgalmas új kutatási területeket nyitott meg, ami többek között az mRNS vakcinák fejlesztéséhez járult hozzá, de a rákkutatásban vagy az öregedésbiológiában is szerepet játszik. Támogatás: GINOP-2.1.7-15-2016-01586