Mérési idő a Bruker Avance III 700MHz-es NMR spektrométeren

A MedInProt Kiválósági Együttműködési Program GÉPIDŐ III vásárlási pályázat keretében az ELTE TTK Bruker Avance III 700MHz-es NMR készülékén lehetett mérési időt igényelni. A készüléken egy 5mm-es szobahőmérsékletű, z-gradienssel ellátott TXI, vagy egy 5mm-es Prodigy hűtött (kétszer nagyobb érzékenységű) TCI H&F-C/N-D z-gradienssel ellátott mérőfejjel lehet mérni. A fehérjék szerkezeti, dinamikai jellemzéséhez szükséges klasszikus és gyors mérések egyaránt rendelkezésre állnak a TopSpin 3.5 pl7 mérőszoftverrel.
A pályázat keretében négy rendszeren történtek vizsgálatok, melyek eredménye eddig 2 megjelent kéziratban lett összefoglalva.

1. Egy új antimikrobiális hatást mutató fehérje jellemzése

A fehérje szerkezet-meghatározáshoz elengedhetetlenek a jó minőségű kényszerfeltételek. A 700 MHz-es készüléken felvett NOESY típusú mérésekből származó 976 1H-1H távolsági kényszerfeltétel alapján sikerrel lehetett megoldani az 58 aminosav hosszú, cisztein aminosavakban gazdag sfPAFB antifungális fehérje oldatfázisú szerkezetét (RMSD 0,3Å). A kompakt β-redős szerkezetet 5 β redő, 4 oldószernek kitett flexibilis loop régió alkotja, és rendelkezik egy „abcabc” diszulfid híd mintázattal. Annak ellenére, hogy szekvenciálisan csak 35% az egyezés a rokon PAF fehérjével, mindketten nagyon hasonló szerkezetet mutatnak.

A biológiai aktivitás vizsgálatok melyeket egy innsbrucki osztrák csoport végez, és az NMR eredmények az alábbi cikkben olvashatóak részletesen: SCIentIFIC REPOrTS | (2018) 8:1751 | DOI:10.1038/s41598-018-20002-2 1

Batta Gyula - Bodor Andrea

2. A foszforiláció és kötődés hatása a CTT – PDZ rendszerben

A szerkezeti változásokat vizsgáltuk egy natív és foszforilált CTT fehérje fragmens esetében önmagában és kölcsönhatásban egy PDZ doménnel. NMR-es eredményeink rávilágítottak a prolin aminosav cisz-transz konformációjának jelentőségére.

A cikk mint Editor´s choice jelent meg: The FEBS Journal 285 (2018) 46–71, 2017.

Nyitray László - Bodor Andrea

3. Lipid-fehérje kölcsönhatások tanulmányozása

Lipidekből álló bicellákat vizsgálunk önmagukban, illetve különféle modellpeptidekkel alkott rendszereikben. Az NMR spektroszkópia - SAXS módszeregyüttes alkalmazásával a komplex rendszerek méretének alakulását vizsgáltuk különféle koncentráció, hőmérséklet, lipid oldallánc változtatása mellett.

Bóta Attila - Bodor Andrea

4. Kanonikus szerin proteáz inhibitorok hurokvázcseréjének jellemzése

Az SGCI és SPINK fehérjék esetében azt vizsgáljuk, hogy megfelelően megválasztott hurokváz csere mennyire befolyásolja az atomi szerkezetet, és ez mennyire van összefüggésben az adott mutáns specificitásával. Széleskörű elsősorban szerkezeti vizsgálataink jelöletlen, 15N és 13C/15N fehérjéken végezzük.

Pál Gábor - Bodor Andrea