A sérült DNS replikációjának vizsgálata sejtlizátumokban
A sérült DNS replikációja kiemelkedő szereppel bír a daganatok kialakulásában. Együttműködésünk keretében a DNS sérüléseinek javításában résztvevő folyamatokat sejtmentes környezetben (sejt extraktokban) vizsgáljuk. Az in vitro DNS replikáció lehetővé teszi a folyamat fehérjeinterakcióinak tanulmányozását vadtípusú és mutáns fehérjék, valamint interakciókat gátló peptidek és kismolekulás gátlószerek hozzáadásával, melyek sejtbe való bejuttatása sokkal nehezebben megoldható.
Három fő hibaelkerülő/javító folyamatot tanulmányozunk, a transzléziós szintézist, a templát váltást és a homológ rekombinációt, egyesítve csoportjaink szaktudását és tapasztalatait. A rendszer sarokköve egy virális eredetű T antigén fehérje, amely celluláris extrakthoz adva képes önmagában inicializálni a DNS replikációját, ha a DNS építő elemei (dNTP-k) illetve ATP rendelkezésre állnak.
Plazmid vektorokba építünk be különböző DNS sérüléseket (léziókat), és megvizsgáljuk, hogy az egyes lézió típusok, például az UV-sugárzás következményeként leggyakrabban kialakuló pirimidin dimer fotortermékek mely hibaelkerülő úton javítódnak ki a plazmid replikációja során, és ezt miként befolyásolják azon interferenciák, melyek az egyes feltételezett résztvevő fehérjék gátlását célozzák. Ezáltal igazolni, vagy cáfolni tudjuk az egyes fehérjék, illetve útvonalak részvételét az adott folyamatban. A homológ rekombináció folyamatában, illetve a replikációt gátló G4 kvadruplex DNS-struktúrák szétszerelésében résztvevő helikázok (pl. a Bloom helikáz) vizsgálatára is kiterjed az együttműködésünk.
Az eredmények értékelésében ötvözni tudjuk Szüts Dávid (TTK) csoportjának tapasztalatát a klónozás és a DNS károsodások detektálása (pl. az újgenerációs szekvenálás) terén, Kovács Mihály (ELTE TTK) csoportjának a rekombinációs fehérjék szerkezet-funkció összefüggéseinek vizsgálataiban szerzett kiemelkedő tapasztalatával.
Szüts Dávid, Kovács Mihály